경기도는 지난 5월부터 7월까지 도-시군 합동으로 기업부설연구소 감면 실태를 기획조사해, 감면 요건을 충족하지 못한 65개 연구소에 대한 취득세 등 22억 원을 추징했다고 22일 밝혔다.
2024년 12월 기준 도내 기업부설연구소는 2만 6,985개로, 이 가운데 963개소가 최근 5년간 약 298억 원의 취득세 감면 혜택을 받았다.

현행법상 기업부설연구소는 토지 또는 건축물 취득 후 1년 이내에 ‘기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률’에 따라 정식 인정을 받아야 감면 혜택을 받을 수 있다.
이후에도 4년간 연구소를 다른 용도로 사용하거나 폐쇄하지 않아야 하지만, 기획조사 결과 ▲기한 내 미인정 ▲실면적 축소 ▲4년 이내 연구소 인정 취소 등의 사례가 다수 적발됐다.

사례별로 보면, 법인 A는 기업부설연구소 사용 목적으로 용인시 내 토지를 취득하고 감면 혜택을 받았으나, 1년 이내 연구소 인정을 받지 않아 8,300만 원의 취득세가 추징됐다.법인 B는 성남시에 건물을 매입해 감면을 받았지만, 현장 확인 결과 연구소 면적이 인정 기준보다 작은 것으로 나타났다. 도는 감소 면적에 대한 중과세를 적용해 6억 7,700만 원을 추징했다. 또한, 안양시 소재 법인 C는 기업부설연구소 인정을 받은 뒤 4년이 지나기 전에 인정이 취소되며 7,100만 원이 추징됐다.

노승호 경기도 조세정의과장은 “공정한 세법질서 확립을 위해 도-시군 합동으로 지방세 누락·탈루 의심 분야에 대한 기획조사를 이어가겠다”고 말했다.